Τὰ Σφακιὰ τῆς Κρήτης ἦταν ἡ πατρίδα του καὶ ἐργαζόταν σὰν γεωργὸς στὴ Νέα Ἔφεσο.

Σ’ ἕνα πανηγύρι πρὸς τιμὴν τοῦ Τιμίου Προδρόμου (29 Αὐγούστου 1811) ἔξω ἀπὸ τὴ Ν. Ἔφεσο, ὁ Ἰωάννης μὲ δυὸ πατριῶτες του διασκέδαζαν. Σὲ κάποια στιγμὴ ἦλθαν ἀπεσταλμένοι τοῦ ἀγὰ καὶ τοὺς ζήτησαν τὸν κεφαλικὸ φόρο. Οἱ τρεῖς Σφακιανοὶ ἀρνήθηκαν νὰ τὸν πληρώσουν καὶ συνεπλάκησαν μὲ τοὺς φοροεισπράκτορες. Ἀποτέλεσμα ἦταν νὰ σκοτωθεῖ, ἀπὸ τοὺς συντρόφους τοῦ Ἰωάννη, ἕνας Τοῦρκος καὶ οἱ ἄλλοι νὰ τραυματιστοῦν. Οἱ δυὸ πατριῶτες τοῦ Ἰωάννη ἀπομακρύνθηκαν, ἐνῶ ὁ ἴδιος ἐπειδὴ ἦταν ἀθῶος ἔμεινε. Ἀλλὰ οἱ Τοῦρκοι, ποὺ ζητοῦσαν ἐκδίκηση συνέλαβαν τὸν Ἰωάννη καὶ ἀφοῦ τὸν βασάνισαν τὸν ἔριξαν στὴ φυλακή, ὅπου ἔμεινε χωρὶς τροφὴ γιὰ 16 ἥμερες.

Στὶς προτάσεις τῶν Τούρκων νὰ ἐξισλαμιστεῖ γιὰ νὰ γλιτώσει τὸ θάνατο, ὁ Ἰωάννης ἀπάντησε: «Χριστιανὸς γεννήθηκα χριστιανὸς θέλω νὰ πεθάνω, Ἰωάννης ὀνομάζομαι, δὲν ἀλλάζω τὴν πίστη μου οὔτε τ’ ὄνομά μου». Τότε οἱ Τοῦρκοι τὸν ἀπαγχόνισαν στὶς 15 Σεπτεμβρίου 1811.

Κατόπιν ἀδείας οἱ Χριστιανοὶ τὸν ἔθαψαν στὴν αὐλὴ τοῦ ναοῦ τοῦ Ἁγίου Γεωργίου, στὴν Ἔφεσο.
Μαρτύριο τοῦ Ἅγιου συνέγραψε ὁ Ἀθανάσιος Πάριος, τὴν δὲ Ἀκολουθία τοῦ ὁ μοναχὸς Γεράσιμος Μικραγιαννανίτης.