Ὁ Ἅγιος Ἱερομάρτυς Παρθένιος καταγόταν ἀπὸ τὴν Μυτιλήνη καὶ γεννήθηκε ἀπὸ γονεῖς εὐσεβεῖς καὶ ἐνάρετους, οἱ ὁποῖοι φρόντισαν γιὰ τὴν κατὰ Θεὸν ἀνατροφή του. Ὁ Παρθένιος ἀφοσιώθηκε στὶς μελέτες καὶ ἔγινε ἕνας ἀπὸ τοὺς λόγιους τῆς ἐποχῆς του. Χειροτονήθηκε πρεσβύτερος καὶ λίγο ἀργότερα ἐξελέγη Ἐπίσκοπος τῆς Ἐκκλησίας τῆς Χίου. Μετὰ παρέλευση ἀρκετοῦ χρόνου κλήθηκε στὸν πατριαρχικὸ θρόνο τῆς Κωνσταντινουπόλεως, περὶ τὰ τέλη τοῦ ἔτους 1656.

Ὡς Πατριάρχης ἀναδείχθηκε ἄνδρας εὐλαβής, χρηστὸς στὸν τρόπο, λόγιος καὶ ζηλωτὴς ὅλων τῶν ἔργων τῆς εὐσεβείας καὶ τῆς ἀρετῆς καὶ ὑποστηρικτὴς τῆς ἑλληνικῆς παιδείας. Ἡ ἀγάπη του πρὸς τὴν παιδεία καὶ τὸ ἐνδιαφέρον του γιὰ νὰ μὴν σβήσει τὸ καντήλι τοῦ φωτὸς καὶ τῆς γνώσεως, τὸν ὁδήγησαν στὸ νὰ ἀπευθύνει ἐπιστολὴ πρὸς τὸν Μητροπολίτη πρώην Νικαίας, ὁ ὁποῖος ἦταν πολὺ πλούσιος καὶ διέμενε στὴν Ταυρίδα, πλησίον τοῦ βασιλέως τῶν Κοζάκων, διὰ τῆς ὁποίας παρακαλοῦσε νὰ ἐνισχύσει τὸ ἔργο τῆς ἀναπτύξεως τῆς ἑλληνικῆς παιδείας. Ἡ ἐπιστολὴ αὐτὴ περιέπεσε στὰ χέρια τῶν Τούρκων. Ἔτσι ὁ Σουλτάνος Ἰμπραὴμ ὁ Α’ διέταξε τὴν θανάτωση τοῦ Ἁγίου Παρθενίου.
Ὁ Ἱερομάρτυς Παρθένιος συνελήφθη τὸ Σάββατο τοῦ Λαζάρου, τοῦ ἔτους 1657 καὶ πιεζόμενος νὰ δεχθεῖ τὸν Ἰσλαμισμὸ γιὰ νὰ ἀποφύγει τὸν θάνατο, στάθηκε σταθερὸς καὶ ἀκλόνητος στὴν Χριστιανικὴ πίστη. Γιὰ τὸν λόγο αὐτὸ τὸν κρέμασαν στὴν καγκελωτὴ πύλη, τὴν λεγόμενη Παρμὰκ – Καποῦ. Τὸ ἱερὸ λείψανό του παρέμεινε κρεμασμένο ἐπὶ τρεῖς ἡμέρες καὶ μετὰ ρίχθηκε στὴν θάλασσα. Ἀργότερα τὸ περισυνέλεξαν οἱ Χριστιανοὶ καὶ τὸ ἐνταφίασαν μὲ εὐλάβεια στὴν λεγόμενη νῆσο «τῶν Πριγκίπων».