Τὴν ἐποχὴ τοῦ Πάπα Οὐρβανοῦ Δ’ (1263) καὶ τοῦ διαδόχου του Κλήμεντος Δ’ (1267) ὁ αὐτοκράτορας τῆς Κωνσταντινουπόλεως Μιχαὴλ Παλαιολόγος ἄρχισε νὰ διαπραγματεύεται γιὰ τὴν ἕνωση τῆς Ἀνατολικῆς Ὀρθοδόξου Ἐκκλησίας μὲ τὴν Δυτική. Ὁ Πάπας Κλήμης Δ’ ἔστειλε στὴν Κωνσταντινούπολη πρὸς ὑπογραφὴ τοὺς ὅρους τῆς ἑνώσεως, στοὺς ὁποίους μεταξὺ ἄλλων ὁ Πάπας ἐθεωρεῖτο ὡς δικαιούμενος ἀπὸ τὸν Θεὸ νὰ κρίνει καὶ νὰ ἀποφασίζει ὁριστικὰ γιὰ κάθε δογματικὸ ζήτημα ἢ ἄλλη ἐκκλησιαστικὴ διαφωνία. Ἔτσι ὁ Πάπας ἀναδεικνυόταν σὲ ὑπέρτατη ἐκκλησιαστικὴ ἐξουσία, οἱ δὲ Σύνοδοι, Τοπικὲς ἢ Οἰκουμενικές, ἐκμηδενίζονταν. Τὸ ζήτημα ὅμως λόγῳ πατριαρχικῶν ἀνωμαλιῶν δὲν ἐπροχώρησε καὶ ὁ αὐτοκράτορας δὲ μποροῦσε νὰ ἐνεργήσει μόνος. Οἱ διαπραγματεύσεις ἐπανελήφθησαν τὸ ἔτος 1273, ὅταν προχειρίσθηκε Πάπας ὁ Γρηγόριος ὁ Ι’, ὁ ὁποῖος ἐδήλωσε ὅτι δέχεται τὸ ζήτημα τῆς ἑνώσεως νὰ συζητηθεῖ σὲ Σύνοδο, ἡ ὁποία ὁρίσθηκε νὰ συνέλθει στὴν πόλη Λυὼν τῆς Γαλλίας. Ὁ βασιλεὺς ἐδήλωσε στοὺς ἀπεσταλμένους τοῦ Πάπα, ὅτι δέχεται τὴν πρόταση καὶ θὰ ἀποστείλει πρέσβεις ἐπιτετραμμένους στὴν Σύνοδο, ἀλλὰ ὁ Πατριάρχης Ἰωσὴφ ἀντιστάθηκε καὶ διαμαρτυρήθηκε ἔντονα, ὅτι ποτὲ δὲν θὰ ἤθελε νὰ ὑπογράψει ἕνωση μὲ τὸν Πάπα ποὺ θὰ ἀναγνώριζε σὲ αὐτὸν ἔξω ἀπὸ τῆς ἱερᾶς παραδόσεως καὶ τῶν ἐκκλησιαστικῶν θεσμίων τέτοια ἐξουσία. Ὁ βασιλεὺς ἐξοργίσθηκε. Μὴ τολμῶν νὰ ἐγγίσει τὸν Πατριάρχη προέβη σὲ φοβερὸ διωγμὸ τῶν λοιπῶν, ἄλλους ἐβασάνισε καὶ ἄλλους ἐξόρισε. Καὶ ἐπειδὴ ὅλοι οἱ κάτοικοι τῆς Κωνσταντινουπόλεως ἐτάχθησαν κατὰ τῆς ἑνώσεως, ὁ αὐτοκράτορας Μιχαήλ, τυφλωμένος ἀπὸ τὴν ἁμαρτία καὶ τὸ πεῖσμα, δήλωσε, ὅτι, ἐπειδὴ αὐτὸς εἶχε ἀνακτήσει τὴν Πόλη ἀπὸ τοὺς Φράγκους, ἐδικαιοῦτο νὰ εἶναι ἰδιοκτήτης της, καὶ ἐζήτησε ἀπὸ τὸν λαὸ νὰ τοῦ καταβάλουν ἐνοίκιο γιὰ τὶς κατοικίες τους. Ἡ ἀπαίτηση αὐτὴ καὶ τὰ βίαια μέτρα ἔκαναν πολλοὺς ἀπὸ τοὺς κατοίκους τῆς Κωνσταντινουπόλεως νὰ φύγουν σὲ χῶρες ἔξω ἀπὸ τὴν δικαιοδοσία τοῦ αὐτοκράτορος, ἄλλους δὲ ν’ ἀποσυρθοῦν στὴν ἐπαρχία, ὅπου διοργάνωσαν ἔνοπλα σώματα κατὰ τῆς αὐτοκρατορικῆς αὐθαιρεσίας.

Παρ’ ὅλα αὐτὰ βασιλικοὶ ἀπεσταλμένοι μετέβησαν στὴν Σύνοδο τῆς Λυῶνος καὶ ὑπέγραψαν τὶς παπικὲς προτάσεις περὶ ἑνώσεως, ἀπεδέχθησαν δηλαδὴ τὴν προσθήκη στὸ Σύμβολο τῆς Πίστεως, ὅτι τὸ Ἅγιο Πνεῦμα ἐκπορεύεται καὶ ἐκ τοῦ Υἱοῦ καὶ ἀνεγνώρισαν τὴν κυριαρχία τοῦ Πάπα καὶ τὸ δικαίωμά του νὰ μνημονεύεται ἀπὸ τὸν Πατριάρχη, ὅταν αὐτὸς θὰ ἐλειτουργοῦσε. Ὁ Πατριάρχης Ἰωσὴφ ἀντιστάθηκε στὸ ζήτημα τῆς ἑνώσεως καὶ ὑπέβαλε τὴν παραίτησή του.Ἔτσι, τὸν Μάϊο τοῦ 1275, Πατριάρχης ἔγινε ὁ ἕως τότε Χαρτοφύλαξ τῆς Μεγάλης Ἐκκλησίας Ἰωάννης Βέκκος.

Ὅμως, ὁ λαός, ὁ κλῆρος καὶ οἱ μοναχοὶ ἀρνοῦνταν νὰ δεχθοῦν αὐτὴν τὴν ἕνωση, τὴν ὁποίαν ἀπέκρουαν καὶ ἡ ἀδελφὴ τοῦ αὐτοκράτορα Εὐλογία, ὁ τότε ἄρχοντας τῆς Ἠπείρου Νικηφόρος, ὁ ἀδελφὸς τοῦ αὐτοκράτορος Ἰωάννης, δούκας τῶν Νέων Πατρῶν, καὶ ἄλλοι συγγενεῖς τοῦ βασιλέως. Δυστυχῶς οἱ πιέσεις καὶ οἱ ἐκβιασμοὶ γιὰ τὴν ἕνωση συνεχίσθηκαν μὲ τὰ πλέον τυραννικὰ μέσα καὶ τὸν διωγμὸ κατὰ τῶν ὑπερασπιστῶν τῆς ὀρθοδόξου πίστεως.
Στὴν μεγάλη αὐτὴ μάχη δὲν ἔμεινε ἀμέτοχο τὸ Ἅγιον Ὄρος. Ἡ Μονὴ Βατοπαιδίου διαμαρτυρήθηκε τολμηρὰ κατὰ τοῦ βασιλέως καὶ τοῦ Πατριάρχου. Κατεδίωξαν, λοιπόν, τοὺς μοναχοὺς κατὰ τὸν κινηθέντα κατὰ τοῦ Ἁγίου Ὄρους διωγμὸ τὸ ἔτος 1285. Ἄλλους ἐβασάνισαν, τὸν δὲ ἡγούμενο τῆς Μονῆς Εὐθύμιο ἔπνιξαν στὴν θάλασσα, ἐνῶ δώδεκα ἄλλους μοναχοὺς τοὺς ἀπηγχόνησαν.