Ὁ Ἅγιος Ἀγάθων καταγόταν ἀπὸ τὸ Παλέρμο τῆς Ἰταλίας. Οἱ εὐσεβεῖς γονεῖς του δίδαξαν σὲ αὐτὸν κάθε γραφὴ θεόπνευστη καὶ ὠφέλιμη. Μετὰ τὸν θάνατό τους συγκέντρωσε ὅλο τὸν πλοῦτο του καὶ τὸν μοίρασε στοὺς πτωχούς. Ὁ ἴδιος, ἀφοῦ ἀναχώρησε καὶ ἡσύχαζε σὲ μοναστήρι, ἐκάρη μοναχὸς καὶ ὑπηρετοῦσε τὸν Θεὸ προσευχόμενος νύχτα καὶ ἡμέρα ὑπὲρ τοῦ σύμπαντος κόσμου. Τόσο πολὺ δὲ ἀγωνίσθηκε γιὰ τὴν ἀρετή, ὥστε ἔλαβε ἀπὸ τὸν Θεὸ καὶ τὸ χάρισμα νὰ κάνει θαύματα.

Ἐπειδὴ ὅμως ἡ ἀρετὴ δὲν διαφεύγει τῆς προσοχῆς, ἔγινε καὶ Πάπας τῆς Ρώμης τὸ ἔτος 678 μ.Χ. καὶ ἔλαβε ἐνεργὸ μέρος στὴν ΣΤ’ Οἰκουμενικὴ Σύνοδο, ἀποστέλλοντας τρεῖς ἀντιπροσώπους καὶ τρεῖς Ἐπισκόπους τῆς Ἰταλίας. Ἡ Σύνοδος αὐτή, συνῆλθε τὸ ἔτος 680 μ.Χ. στὴν Κωνσταντινούπολη, γιὰ νὰ καταδικάσει τὴν αἵρεση τῶν Μονοφυσιτῶν. Μεταξὺ τῶν καταδικασθέντων ἦταν καὶ ὁ προκάτοχος τοῦ Ἁγίου Ἀγάθωνος Ἐπίσκοπος Ρώμης Ὀνώριος Α’ (625 – 638 μ.Χ.)
Ὁ Ἅγιος Ἀγάθων κοιμήθηκε μὲ εἰρήνη τὸ ἔτος 682 μ.Χ.