Ὁ Ὅσιος Ἰωάννης γεννήθηκε στὴν Εἰρηνούπολη, ποὺ ὑπαγόταν στὴ Δεκάπολη τῆς Κοίλης Συρίας. Οἱ γονεῖς του, ὁ Θεόδωρος καὶ ἡ Γρηγορία,  διακρίνονταν γιὰ τὴν εὐσέβειά τους, τὴν ὁποία καὶ μετέδωσαν μὲ κάθε φροντίδα στὸν εὐπειθὴ υἱό τους. Κατὰ τὴν παιδική του ἡλικία περνοῦσε τὸν χρόνο του μεταξὺ τῆς ἀνατροφῆς του αὐτῆς, τῶν σπουδῶν του καὶ πολλῶν ἀγαθοεργιῶν, μὲ τὶς ὁποῖες οἱ γονεῖς του προσπάθησαν ἀπὸ νωρὶς νὰ τὸν ἐξοικειώσουν. Ἡ ἴδια εὐσέβεια καὶ ἡ φιλάνθρωπη τάση τὸν διέκρινε καὶ κατὰ τὴ νεότητά του, κατὰ τὴν ὁποία μὲ τὴν τήρηση τοῦ θείου θελήματος διατηρήθηκε μακριὰ ἀπὸ κάθε ματαιότητα καὶ ἀκαθαρσία.

Ἀργότερα ἔγινε μοναχός. Καὶ στὴ νέα αὐτὴ ζωὴ δὲν εὐδοκίμησε λιγότερο. Ὁ ζῆλος του καὶ ἡ παιδεία του τὸν ἔκαναν νὰ ξεχωρίσει στὴν ἐκτίμηση τῶν λοιπῶν ἀδελφῶν, τὸν παρέλαβε δὲ μαζί του ὁ ἡγούμενος τῆς μονῆς στὴ Νίκαια, τὸ 787 μ.Χ., ὅπου τότε συγκαλεῖτο ἡ Ζ’ Οἰκουμενικὴ Σύνοδος. Μετὰ ἀπὸ τὸ τέλος τῆς Συνόδου ἦλθαν καὶ οἱ δύο στὴν Κωνσταντινούπολη. Καὶ ἐπειδὴ καὶ οἱ δύο τους κατὰ τὴν διάρκεια τῶν συνοδικῶν ἐργασιῶν ἀπέσπασαν τὴν εὐμενὴ προσοχὴ καὶ τῆς βασίλισσας Εἰρήνης καὶ τοῦ Πατριάρχη Ταρασίου, ὁ γέροντας καὶ ἡγούμενός του, ἀναδείχθηκε ἡγούμενος τῆς μονῆς τῶν Δαλμάτων, ὁ δὲ Ὅσιος Ἰωάννης χειροτονήθηκε Πρεσβύτερος καὶ κατὰ τοὺς χρόνους τοῦ αὐτοκράτορος Νικηφόρου (802 – 811 μ.Χ.), πού διαδέχθηκε τὴν Εἰρήνη στὸν βασιλικὸ θρόνο, διορίσθηκε ἡγούμενος στὸ μοναστήρι, τὸ ἀποκαλούμενο τῶν Καθαρῶν.

Τὰ καθήκοντά του ἐκεῖ τὰ ἄσκησε μὲ κάθε εὐσυνειδησία, ἀφοῦ πρόσεξε νὰ προαγάγει τὴν πειθαρχία μεταξὺ τῶν ἀδελφῶν καὶ νὰ ὑψώσει τὴν πνευματικὴ καὶ ἠθικὴ ζωή τους. Καὶ ἐπειδὴ κατὰ τὰ χρόνια ἐκεῖνα ἐξακολουθοῦσαν ἀκόμα οἱ συνέπειες ἐκείνου τοῦ σαλοῦ ἐναντίων τῶν εἰκόνων, ὁ Ὅσιος Ἰωάννης μετέδιδε στοὺς μοναχούς του τὰ διδάγματα τῆς Ὀρθοδοξίας καὶ τοὺς προετοίμαζε σὲ κάθε τόλμη καὶ κάθε κίνδυνο γι’ αὐτά. Καὶ ἡ μέρα τῆς μεγάλης δοκιμασίας φανερώθηκε κατὰ τοὺς χρόνους τοῦ βασιλέως Λέοντος τοῦ Ε’, ὁ ὁποῖος κατέλαβε τὸν θρόνο τὸ ἔτος 813.

Ὁ βασιλέας αὐτὸς συμπαθοῦσε τὶς ἀρχὲς τῆς μεταρρυθμίσεως. Μεταξὺ δὲ τῶν ἄλλων, κρίνοντας ἐπιπόλαια τὰ πράγματα, πρέσβευε ὅτι ἡ Ἐκκλησία δὲν θὰ μποροῦσε νὰ ἀνορθωθεῖ, ἐὰν ἐπιτέλους δὲν ἐπερχόταν ἡ πλήρης κατάργηση τῶν ἁγίων εἰκόνων ἀπὸ αὐτή. Ὅτι μία τέτοια δοξασία ἦταν ἀνόητη, ὅτι οἱ ὑπέρμαχοι τῆς λεγόμενης μεταρρυθμίσεως μέσῳ τοῦ λυσσαλέου ἀγῶνος κατὰ τῶν εἰκόνων, κατανάλωσαν χωρὶς λόγο δυνάμεις πολύτιμες γιὰ τὸ βυζαντινὸ κράτος καὶ τὴν Ἐκκλησία, τὸ ὁμολογοῦν καὶ περίφημοι ἱστορικοί.

Ὁ Λέων ὁ Ε’ ὅμως παρασυρόταν καὶ ὁ ἴδιος ἀπὸ τὴν τυφλὴ προκατάληψη κατὰ τῶν εἰκόνων. Σὲ αὐτὸ τὸν ὠθοῦσαν καὶ δύο ἄνδρες ποὺ ἀσκοῦσαν πάνω του μεγάλη ἐπιρροή, ὁ Θεόδοτος Μελισσηνὸς καὶ ὁ Ἰωάννης ὁ Γραμματικός. Προέβη λοιπὸν σὲ διατάγματα καὶ βίαια μέτρα γιὰ τὴν κατάργηση τῶν ἱερῶν εἰκόνων καὶ ἐπεχείρησε φοβερὸ διωγμὸ ἐναντίων τῶν Ὀρθοδόξων Ἐπισκόπων καὶ ἡγουμένων καὶ μοναχῶν, τὸ ὁποῖο ἐπέκτεινε καὶ ἐναντίον τῶν συγκλητικῶν, πατρικίων, ἀκόμα δὲ καὶ ἐναντίον γυναικῶν καὶ παρθένων. Τὸ μοναστήρι τῶν Καθαρῶν συμπεριελήφθη στὸν διωγμό. Μαινόμενοι στρατιῶτες ἅρπαξαν τὰ ὑπάρχοντά του, οἱ μοναχοὶ κακοποιήθηκαν καὶ διασκορπίσθηκαν, ἐνῷ ὁ ἡγούμενος Ἰωάννης ὁδηγήθηκε σιδηροδέσμιος στὴν Κωνσταντινούπολη. Ὁ βασιλέας εἶχε ἀκούσει πολλὰ γι’ αὐτόν. Καὶ θέλησε νὰ τὸν δεῖ, θεωρώντας ὅτι δὲν εἶναι δυνατὸν νὰ τὸν μεταπείσει. Ἀλλὰ ὁ Ὅσιος, ἀφοῦ ἀπέδειξε τὸ ἀντιορθόδοξο καὶ ἐπιβλαβὲς πνεῦμα τοῦ διωγμοῦ κατὰ τῶν εἰκόνων, ἔλεγξε τὸν βασιλέα γιὰ τὸ πεῖσμα του καὶ τὶς δυσσεβεῖς ἀπόψεις του καὶ προανήγγειλε σὲ αὐτὸν ὅτι ἡ δυσμένεια τῶν Ἁγίων καὶ ἡ κατακραυγὴ τῶν θυμάτων πρὸς τὸν Θεὸ θὰ ἔφερναν κάποια ἡμέρα τὴν τιμωρία.

Ὁ βασιλέας ἐξοργίσθηκε καὶ διέταξε τὴν κράτηση τοῦ Ὁσίου σὲ μετόχι τοῦ μοναστηριοῦ του. Διότι δὲν σταμάτησε νὰ διατηρεῖ τὴ μάταιη ἐλπίδα ὅτι ὠριμότερα σκεπτόμενος ὁ Ὅσιος, θὰ συμμορφωνόταν πρὸς τὴν βασιλικὴ θέληση. Ὅταν ὅμως ἀντιλήφθηκε τὴν ἄκαρπη προσδοκία του, τὸν ἐξόρισε σὲ φρούριο ποὺ ὀνομαζόταν Πενταδάκτυλο καὶ βρισκόταν στὴ χώρα τῆς Λάμπης.

Ἀπὸ ἐκεῖ, μετὰ ἀπὸ αὐστηρὴ κάθειρξη δεκαοκτὼ μηνῶν, τὸν μετέφεραν πάλι στὴν Κωνσταντινούπολη, ὅπου μάταιες, ὅπως καὶ πρίν, ἀπέβησαν οἱ προσπάθειες καὶ τοῦ νέου Πατριάρχη Θεοδότου Α’ τοῦ Μελισσηνοῦ (815 – 821 μ.Χ.), τοῦ ἐπονομαζόμενου Κασσιτερᾶ, νὰ παραπείσουν τὸν Ὅσιο νὰ ἀπαρνηθεῖ τὶς ἅγιες εἰκόνες. Ἀκολούθησε νέα κάθειρξη τοῦ Ἰωάννου, ἡ ὁποία διήρκησε δύο χρόνια, στὸ φρούριο Κριόταυρο τῶν Βουκελλαρίων. Καὶ ἐκεῖ ὑπέστη τὰ πάνδεινα, χωρὶς ὅμως νὰ μετριασθεῖ στὸ παραμικρὸ ὁ ζῆλος του πρὸς τὶς ἱερὲς εἰκόνες.

Ἡ πρόρρησή του ἐπαληθεύθηκε. Ὁ Λέων ὁ Ε’ σφαγιάσθηκε, διαδέχθηκε δὲ αὐτὸν ὁ Μιχαὴλ ὁ Β’. Αὐτὸς σχεδίαζε νὰ συμβιβάσει τὰ ἀντίπαλα στρατόπεδα, δηλαδὴ τῶν φίλων τῆς μεταρρυθμίσεως καὶ τῶν ὑπερασπιστῶν τῶν ἁγίων εἰκόνων, ἐπέτρεψε δὲ στοὺς διωχθέντες ἀπὸ τὸν Λέοντα τὸν Ε’, νὰ ἐπανέλθουν ἀπὸ τὴν ἐξορία τους. Ἐπανῆλθε τότε καὶ ὁ Ὅσιος Ἰωάννης. Ἀλλὰ οἱ ἀντίπαλοι τῶν εἰκόνων ἔπεισαν τὸν βασιλέα νὰ τοῦ ἐπιτρέψει διαμονὴ μόνο στὴ Χαλκηδόνα. Ἔτσι τοῦ ἀπαγορεύθηκε ἡ εἴσοδος στὴν Κωνσταντινούπολη.
Τὸν Μιχαὴλ διαδέχθηκε ὁ υἱὸς του Θεόφιλος, κατὰ τὸ 829 μ.Χ., θιασώτης καὶ αὐτὸς καὶ προστάτης τῆς μεταρρυθμίσεως καὶ ἐχθρὸς τῶν εἰκόνων. Ὁ Ὅσιος Ἰωάννης, τὸ ἔτος 836 μ.Χ., θέλησε νὰ εἰσέλθει στὴν Κωνσταντινούπολη γιὰ νὰ μείνει κοντὰ στοὺς ὁμόφρονές του κληρικούς, στὴν περιοχὴ ἑνὸς ναοῦ. Ἀλλά, ὁ τότε Πατριάρχης Ἰωάννης ὁ Ζ’ ὁ Γραμματικὸς (836 – 842 μ.Χ.) δὲν τὸ ἐπέτρεψε καὶ ἐξόρισε τὸν Ὅσιο στὴ νῆσο Ἀφουσία. Ἐκεῖ ὁ Ὅσιος Ἰωάννης, μετὰ ἀπὸ δυόμισι χρόνια, πιθανῶς τὸ ἔτος 839 μ.Χ., κοιμήθηκε μὲ εἰρήνη.