Μετὰ τὴν κατάπαυση τῆς εἰκονομαχίας καὶ τὴν ἀναστήλωση τῶν ἱερῶν εἰκόνων ὁ Πατριάρχης Μεθόδιος Α’ (842 – 846 μ.Χ.) εἰσηγήθηκε στοὺς βασιλεῖς Μιχαὴλ καὶ Θεοδώρα (842 – 867 μ.Χ.), ὅτι δὲν εἶναι δίκαιο τὸ ἱερὸ λείψανο τοῦ Ἁγίου Νικηφόρου νὰ βρίσκεται μακριά. Ἔτσι ἀπεστάλησαν ἐκ μέρους τοῦ Πατριάρχου καὶ τῶν αὐτοκρατόρων οἱ ἁρμόδιοι, οἱ ὁποῖοι ἄνοιξαν τὸν τάφο τοῦ Ἁγίου στὴ μονὴ τοῦ Ἁγίου Θεοδώρου καὶ βρῆκαν τὸ ἱερὸ σκήνωμα αὐτοῦ ἀκέραιο καὶ ἄθικτο μετὰ δέκα ἐννέα ἔτη ἀπὸ τὴν κοίμησή του. Μὲ ἱερὲς ὑμνωδίες καὶ μεγαλοπρέπεια τὸ ἔβαλαν σὲ βασιλικὴ τριήρη καὶ τὸ ἔφεραν στὴ Βασιλεύουσα. Ὅταν τὸ βασιλικὸ πλοῖο προσέγγισε στὸν πορθμὸ τῆς Ἀκροπόλεως, ἐξῆλθαν μὲ λαμπάδες ὁ αὐτοκράτορας καὶ ἡ σύγκλητος γιὰ νὰ προϋπαντήσουν τὸ ἱερὸ λείψανο, τὸ ὁποῖο συνόδευσαν στὴν Ἁγία Σοφία. Ἀπὸ ἐκεῖ, τὸ ἔτος 846 μ.Χ., τὸ κατέθεσαν στὸ ναὸ τῶν Ἁγίων Ἀποστόλων, ὅπου ἐτελεῖτο ἡ Σύναξη αὐτοῦ (2 Ἰουνίου).
Ἐκεῖ ἐκκλησιαζόταν τὴ Δευτέρα τοῦ Πάσχα ὁ αὐτοκράτορας, ὁ ὁποῖος πρὸ τοῦ τάφου τοῦ Ἁγίου Νικηφόρου ἄναβε κεριὰ καὶ προσευχόταν.

Ἀπολυτίκιον. Ἦχος γ’. Θείας πίστεως.
Θήκη ἔνθεος, καὶ ζωῆς πλήρης, ἀναδέδεικται, τῇ Ἐκκλησίᾳ, ἡ σορὸς τῶν μυριπνόων λειψάνων σου· ἧς τῇ σεπτῇ κομιδῇ κομιζόμεθα, τὰς δωρεὰς Νικηφόρε τοῦ Πνεύματος. Πάτερ Ὅσιε, Χριστὸν τὸν Θεὸν ἱκέτευε, δωρήσασθαι ἡμῖν τὸ μέγα ἔλεος.

Κοντάκιον. Ἦχος γ’. Θείας πίστεως.
Τὴν ψυχήν σου τέθεικας, ὑπὲρ τῆς ποίμνης σου Πάτερ, καὶ αὐτῇ τὸ ἄδολον, τῆς εὐσεβείας ἐνέθου· ὅθεν σου, τὴν τῶν λειψάνων λάρνακα θείαν, χαίρουσα, καθυποδέχεται καὶ κραυγάζει· σύ μου καύχημα καὶ σκέπη, ὦ Νικηφόρε, ὁμολογίας λαμπτήρ.

Μεγαλυνάριον.
Χάρις πλουσιόδωρος δαψιλῶς, πρόεισι τῷ κόσμῳ, ὥσπερ ῥεῖθρον ἐκ τῆς Ἐδέμ, ἐκ τῶν σῶν λειψάνων, καὶ ἄρδει Νικηφόρε, ἀεὶ τῆς Ἐκκλησίας, ἅπαν ἀνάστημα.