Ακόμη από τα πολλά θαύματα του Αγίου Μηνά είναι και αυτό που έλαβε χώρα το 1826 μ.Χ. στο Ηράκλειο της Κρήτης, πόλη στην οποία ιδιαιτέρως τιμάται ο Άγιος.

Το 1821 μ.Χ., μετά την έκρηξη της μεγάλης Ελληνικής Επανάστασης εναντίον των Τούρκων, οι κατακτητές προχώρησαν σε σφαγές χιλιάδων αμάχων σε πολλές περιοχές. Από τους πρώτους που πλήρωσαν με το αίμα τους την επανάσταση ήταν και οι κάτοικοι της Κρήτης. Μεταξύ των χιλιάδων θυμάτων ήταν ο Μητροπολίτης Κρήτης, οι Επίσκοποι Χανίων, Κνωσού, Χεροννήσου, Λάμπης, Σητείας κ.α. οι οποίοι εσφάγησαν, την 24η Ιουνίου 1821 μ.Χ., στον περίβολο του Μητροπολιτικού Ναού του Ηρακλείου. Μάλιστα ο ιερουργών ιερέας εσφάγη πάνω στην Αγία Τράπεζα!
Πέντε χρόνια αργότερα, το 1826 μ.Χ., οι Τούρκοι του Ηρακλείου σχεδίαζαν να προβούν σε σφαγή των Χριστιανών, και πάλι στον Μητροπολιτικό Ναό του Αγίου Μηνά, στις 18 Απριλίου, ημέρα του Πάσχα, την ώρα της Αναστάσιμης Θείας Λειτουργίας για να πιάσουν τους Χριστιανούς απροετοίμαστους. Για αντιπερισπασμό έβαλαν φωτιά σε διάφορα απομακρυσμένα σημεία της πόλης, ενώ οπλισμένα στίφη είχαν συγκεντρωθεί έξω από το ναό, περιμένοντας την ώρα της αναγνώσεως του Ευαγγελίου για να εισβάλουν και να αρχίσουν την σφαγή.

Μόλις όμως άρχισε η ανάγνωση εμφανίσθηκε ένας ασπρομάλλης ηλικιωμένος ιππέας που έτρεχε γύρω από το ναό κραδαίνοντας το ξίφος του και κυνηγώντας τους επίδοξους σφαγείς οι οποίοι τράπηκαν πανικόβλητοι σε φυγή. Έτσι σώθηκαν οι πολύπαθοι Χριστιανοί του Ηρακλείου από τον φοβερό κίνδυνο.

Οι Τούρκοι νόμισαν ότι ο καβαλάρης ήταν μουσουλμάνος πρόκριτος απεσταλμένος από τον Διοικητή της πόλης για να ματαιώσει την σφαγή. Όταν διαμαρτυρήθηκαν στον Διοικητή, αυτός τους διαβεβαίωσε ότι δεν γνώριζε τίποτε και μάλιστα διαπιστώθηκε ότι ο συγκεκριμένος πρόκριτος δεν είχε βγει καθόλου από το σπίτι του.

Κατάλαβαν τότε οι Τούρκοι ότι επρόκειτο για θαύμα του Αγίου Μηνά, κοινοποίησαν το γεγονός στους Έλληνες και από τότε οι Mουσουλμάνοι ηυλαβούντο πολύ τον Άγιο, προσφέροντας μάλιστα και δώρα στο ναό του.
Το θαύμα αυτό του Αγίου Μηνά καθιερώθηκε να τιμάται στο Ηράκλειο την Τρίτη της Διακαινησίμου, οπότε και εκτίθεται σε προσκύνηση, κατά τον εσπερινό, λείψανο του Αγίου.