Εἶναι ἄγνωστο ἀπὸ ποῦ καταγόταν ὁ Ἅγιος Ἱερομάρτυς Τιμόθεος, Ἐπίσκοπος Προύσης. Ἄθλησε κατὰ τοὺς χρόνους τοῦ αὐτοκράτορος Ἰουλιανοῦ τοῦ Παραβάτου (360 – 362 μ.Χ.), τὸ 361 μ.Χ. Ὡς Ἐπίσκοπος Προύσης διακρινόταν γιὰ τὴν ζῶσα εὐσέβεια καὶ τὸν ἀκοίμητο ζῆλό του πρὸς στήριξη τοῦ ποιμνίου του καὶ τὴν περιφρούρηση αὐτοῦ ἀπὸ τὶς διάφορες αἱρέσεις. Μὲ τὴ Χάρη τοῦ Θεοῦ ἡ φήμη του εἶχε διαδοθεῖ πολὺ πέραν τῶν ὁρίων τῆς Ἐπισκοπῆς του. Ὅταν ὁ Ἰουλιανὸς ἐξαπέλυσε τὸ διωγμὸ κατὰ τῶν Χριστιανῶν, ὁ Τιμόθεος εὑρέθηκε μεταξὺ τῶν πρώτων ποιμένων τῆς Ἐκκλησίας, οἱ ὁποῖοι ἀντέστησαν στὶς ἀποφάσεις τοῦ ἀσεβοῦς αὐτοκράτορος, καταπολεμώντας τὰ ἀνόσια αὐτοῦ διατάγματα μὲ παρρησία καὶ τόλμη. Ἕνεκα τῆς σθεναρῆς αὐτῆς ἀντιστάσεώς του, ὁ Ἰουλιανὸς ἀπέστειλε ἐκπρόσωπό του, γιὰ νὰ πείσει τὸν Τιμόθεο νὰ ὑπακούσει στὶς αὐτοκρατορικὲς διαταγές καὶ νὰ συμμορφωθεῖ πρὸς αὐτές, ἀπαρνούμενος τὸν Χριστό. Ὁ Τιμόθεος ὅμως ἐδήλωσε πρὸς τὸν ἀπεσταλμένο τοῦ αὐτοκράτορος ὅτι δὲν δέχεται διαταγὲς ἀντιβαίνουσες πρὸς τὶς Χριστιανικὲς ἀρχές, ἔλεγξε δὲ τὸν Ἰουλιανὸ γιὰ τὴν ἀποστασία του. Γιὰ τὴ στάση του αὐτὴ καταδικάσθηκε σὲ θάνατο καὶ ἀποκεφαλίσθηκε.
Ναὸς τοῦ Ἁγίου Τιμοθέου ὑπῆρχε ἐντὸς τοῦ νοσοκομείου τοῦ «ἐν τῷ Δευτέρῳ» τῆς Κωνσταντινουπόλεως.