Ὁ Ἅγιος Μιχαήλ γεννήθηκε στίς Χῶνες τῆς Φρυγίας ἀπό ἀριστοκρατική οἰκογένεια, περί τό 1138. Πρῶτο διδάσκαλο καί παιδαγωγό εἶχε τό Μητροπολίτη τῆς γενέτειράς του Νικήτα, ὀνομαστό γιά τό προφητικό του χάρισμα, ὁ ὁποῖος καί τόν ἔστειλε νά τελειοποιήσει τή μόρφωσή του στήν Πατριαρχική Σχολή τῆς Κωνσταντινουπόλεως, ὅπου ἔργάσθηκε ὑπό τήν καθοδήγηση τοῦ Εὐσταθίου, μέλλοντος Μητροπολίτου Θεσσαλονίκης.

Ὁ Ἅγιος Μιχαήλ ἐξελέγη, τό 1182, Μητροπολίτης Ἀθηνών. Ἐκεῖ βρῆκε μία μικρή πόλη λεηλατημένη ἀπό τούς φοροσυλλέκτες καί τίς ἀκατάπαυστες πειρατικές ἐπιδρομές. Σέ αὐτά προσετίθετο ἡ θρησκευτική ἄγνοια τοῦ λαοῦ καί τό ἀτίθασο φρόνημα κάποιων κληρικῶν. Πέτυχε σοβαρή ἀνακούφιση ἀπό τή φορολογία, ἀναβάθμισε καί ἐπαύξησε τόν ἱερό κλῆρο καί ἐξωράϊσε τό μητροπολιτικό του ναό. Ἐμποδιζόμενος στήν ἄσκηση τοῦ λειτουργήματός του ἀπό τούς Φράγκους τῆς Δ’Σταυροφορίας (1204), πού εἶχαν ἱδρύσει δουκᾶτο στήν Ἀθήνα, αὐτοεξορίσθηκε καί ἐγκαταστάθηκε στή νῆσο Κέα, ὅπου παρέμεινε ἀπό τό 1207 μέχρι τό 1217, στή μονή τοῦ Προδρόμου Βοδονίτζης στίς Θερμοπῦλες.