Ὁ Ὅσιος Νικόδημος ὁ Ἁγιορείτης γεννήθηκε στή νῆσο Νάξο, τό 1749, ἀπό γονεῖς εὐσεβεῖς καί ἐνάρετους, τόν Ἀντώνιο καί τήν Ἀναστασία Καλλιβούρση, καί ὀνομαζόταν Νικόλαος. Τά πρῶτα γράμματα διδάχθηκε στήν γενέτειρά του ἀπό τόν ἱερέα τῆς ἐνορίας του, τόν ὁποῖο καί βοηθοῦσε στήν τέλεση τῶν ἱεροπραξιῶν. Ἀκολούθως φοίτησε στήν σχολή τῆς Νάξου, διδάχθηκε τά ἱερά γράμματα ἀπό τόν σοφό διδάσκαλο τοῦ γένους, ἀρχιμανδρίτη Χρύσανθο, ἀδελφό τοῦ ἱερομάρτυρος Κοσμᾶ τοῦ Αἰτωλοῦ († 4 Αὐγούστου).

Σέ ἡλικία 16 ἐτῶν ἐστάλη γιά συμπλήρωση τῶν σπουδῶν του στήν Ἑλληνική Σχολή στή Σμύρνη (μετέπειτα Εὐαγγελική), ὅπου κάτω ἀπό τήν καθοδήγηση τοῦ ὀνομαστοῦ γιά τήν παιδεία καί τήν ἀρετή του διδασκάλου Ἱεροθέου Βουλισμᾶ τοῦ Ἰθακήσιου, παρέμεινε γιά πέντε χρόνια, καταπλήσσοντας τούς πάντες γιά τήν θαυμάσια ἐπίδοση καί τίς ἐξαίρετες ἐπιδόσεις. Ἔτσι, ἐκτός τῶν ἱερῶν γραμμάτων, ἔμαθε τήν ἀρχαία Ἑλληνική, τήν Λατινική, τήν Ἰταλική καί τήν Γαλλική.

Τό 1770, γιά νά ἀποφύγει τούς διωγμούς τῶν Τούρκων, ἐπέστρεψε στή Νάξο, ὅπου προσλήφθηκε ἀπό τόν Μητροπολίτη Παροναξίας Ἄνθιμο ὡς ἀκόλουθος καί γραμματέας του. Τότε γνώρισε καί τούς ἁγιορεῖτες ἱερομονάχους Γρηγόριο καί Νήφωνα, ἀπό τήν συναναστροφή τῶν ὁποίων τοῦ γεννήθηκε ὁ πόθος νά ἀκολουθήσει τό μοναχικό βίο στό Ἅγιον Ὄρος. Ἀργότερα, καί πρίν τήν μετάβασή του στό Ἅγιον Ὄρος, ὑπῆρξε σταθμός στήν ζωή του καί καθοριστική γιά τήν μετέπειτα ἐξέλιξή του, τό ὅτι γνώρισε τρεῖς σπουδαίους ἁγιορεῖτες μοναχούς, ἀπό ἐκείνους πού ὀνόμαζαν «Κολλυβάδες».

Τό κίνημα τῶν «Κολλυβάδων» ἦταν μιά ὑγιής ἀντίδραση ἐνάντια στίς ἐπιδράσεις τῆς φράγκικης θεολογίας στόν ὀρθόδοξο τρόπο ζωῆς καί ἐνάντια στήν ἐκκοσμίκευση, ἡ ὁποία ἀπειλοῦσε νά ἀλλοιώσει τό πνεῦμα τοῦ ὀρθόδοξου μοναχισμοῦ καί γενικότερα τήν ὀρθόδοξη παράδοση.  Ὁ Ἅγιος Νικόδημος ὑπῆρξε πρωτοστάτης στόν ἀγώνα αὐτό στούς δύσκολους ἐκείνους χρόνους. Αὐτοί κατέφυγαν στή Νάξο διωγμένοι ἀπό τό Ἅγιον Ὄρος, λόγω τῆς ἐμμονῆς τους στήν πατρώα παράδοση. Διά μέσου τῶν μοναχῶν αὐτῶν συνδέθηκε μέ τόν Ἅγιο Μακάριο Νοταρᾶ, πρώην Μητροπολίτη Κορίνθου († 17 Ἀπριλίου), γιά νά φωτισθεῖ  καί ἐνισχυθεῖ ἀπό αὐτόν στήν ἀσκητική ζωή, τήν ὁποία εἶχε ἀποφασίσει νά ἀκολουθήσει.

Τό 1775, ἐγκατέλειψε τόν κόσμο καί, ἀφοῦ μετέβη στή μονή τοῦ Ἁγίου Διονυσίου στό Ἅγιον Ὄρος, ἐκάρη μοναχός, λαμβάνοντας τό ὄνομα Νικόδημος καί διορίσθηκε ἀναγνώστης καί γραμματέας τῆς μονῆς.

Τό 1777, ἀφοῦ ἐπισκέφθηκε τό Ἅγιον Ὄρος ὁ Μακάριος, συνέστησε στόν Ὅσιο Νικόδημο τήν θεώρηση καί ἔκδοση διαφόρων ἐκκλησιαστικῶν βιβλίων, ἐργασία τήν ὁποία αὐτός εὐχαρίστως ἀνέλαβε. Ἔτσι, σέ μικρό χρονικό διάστημα παρέδωσε θεωρημένα καί διορθωμένα στόν Ἅγιο Μακάριο τήν Φιλοκαλία, τόν Εὐεργετινό καί τό Περί συνεχοῦς μεταλήψεως. 

Τό 1783, ἀφοῦ ἔλαβε τό μέγα σχῆμα ἀπό τόν ὁσιότατο γέροντα Δαμασκηνό Σταυρουδᾶ, ἐγκαταστάθηκε ὁριστικά στήν καλύβη πού ἀγοράσθηκε ἀπό αὐτόν καί βρισκόταν πάνω ἀπό τό Κυριακό στήν Σκήτη τοῦ Παντοκράτορος, τήν λεγόμενη τοῦ Θεωνᾶ, καί ἐπιδόθηκε ἀπερίσπαστα στήν διόρθωση τῶν παλαιῶν καί συγγραφή νέων βιβλίων, ὁ ἀριθμός τῶν ὁποίων ὑπερβαίνει τά εἴκοσι ἑπτά. Μεταξύ αὐτῶν συγκαταλέγεται καί ὁ περίφημος Συναξαριστής του.

Ἡ συνεχής ὅμως καί μόνιμη ἐργασία καί ἡ ἀδιάλειπτη καί ἔντονη ἄσκηση κλόνισαν τήν ὑγεία του. Το 1809, προσβλήθηκε ἀπό ἡμιπληγία καί μετά ἀπό λίγες ἡμέρες παρέδωσε τήν μακαρία του ψυχή στά χέρια τοῦ Θεοῦ, τόν Ὁποῖο τόσο ἀγάπησε, ὥστε ἀφιέρωσε τόν ἑαυτό του σέ Αὐτόν.

Τό τίμιο λείψανό του ἐνταφιάσθηκε στό Λαυριωτικό κελλί τῶν Σκουρταίων, στό ὁποῖο σήμερα φυλάσσεται ἡ σεπτή κάρα του, ἀποπνέοντας θεία εὐωδία καί ἁγιάζοντας ὅσους τήν προσκυνοῦν μέ πίστη.

Ἀπολυτίκιον. Ἦχος γ'. Τήν ὡραιότητα.

Σοφίας χάριτι, Πάτερ κοσμούμενος, σάλπιγξ θεόφθογγος, ὤφθης τοῦ Πνεύματος, καί ἀρετῶν ὑφηγητής, Νικόδημε θεηγόρε· πᾶσι γάρ παρέθηκας, σωτηρίας διδάγματα, βίου καθαρότητος, διεκφαίνων τήν ἔλλαμψιν, τῷ πλούτῳ τῶν ἐνθέων σου λόγων, δι’ ὧν ὡς φῶς τῷ κόσμῳ ἔλαμψας.

Κοντάκιον. Ἦχος πλ. δ’. Τῇ Ὑπερμάχῳ.

Ὡς ἐναρέτου πολιτείας μύστην ἄριστον

Καί εὐσεβείας θεοφόρητον διδάσκαλον

Ἡ Ὀρθόδοξος γεραίρει σε Ἐκκλησία·

Οὐρανόθεν γάρ τό χάρισμα δεξάμενος

Καταυγάζεις τοῖς ἐνθέοις σου συγγράμμασι

Τούς βοῶντάς σοι, χαίροις Πάτερ Νικόδημε.

Μεγαλυνάριον.

Χαίροις Ἐκκλησίας νέος φωστήρ, καί Ἁγίου Ὄρους, ἐγκαλώπισμα ἱερόν· χαίροις Μοναζόντων, ὁ φωτοφόρος λύχνος, Νικόδημε παμμάκαρ, Νάξου τό καύχημα.