Ὁ Ἅγιος Σαλλούστιος ἀνῆλθε στόν πατριαρχικό θρόνο τῆς Ἐκκλησίας τῶν Ἱεροσολύμων, τό ἔτος 486 μ.Χ. Χάριν τῆς εἰρήνης τῆς Ἐκκλησίας ὑπέγραψε μέν καί αὐτός τό «Ἑνωτικόν» τοῦ αὐτοκράτορος Ζήνωνος τοῦ Ἰσαύρου (476 – 491 μ.Χ.), διά τοῦ ὁποίου ὁ αὐτοκράτορας ἐπεδίωκε νά ἱκανοποιήσει τούς δυσαρεστημένους Μονοφυσῖτες, ἀλλά ὑπεράσπισε μέ γενναιότητα τίς Ἀποφάσεις καί τούς Ὅρους τῆς Δ’ Οἰκουμενικῆς Συνόδου.

Κατά τό ἔτος τῆς ἐκλογῆς τοῦ Ἁγίου Σαλλουστίου, κάποιοι από τούς μοναχούς τῆς Λαύρας τοῦ Ὁσίου Σάββα, πού ἦσαν πονηροί καί ἀνελεύθεροι, πῆγαν στόν Πατριάρχη καί κατήγγειλαν τον Ὅσιο Σάββα († 5 Δεκεμβρίου) ὡς ἀνίκανο γιά τήν διακυβέρνηση αὐτῶν. Ὅμως ὁ Ἅγιος Σαλλούστιος, ἀφοῦ κάλεσε τόν Ὅσιο Σάββα τόν χειροτόνησε Πρεσβύτερο καί εἶπε στούς στασιαστές μοναχούς: «Ἰδού, ἔχετε τόν πατέρα ὑμῶν καί τῆς Λαύρας τῆς καθ’ ὑμᾶς ἀφηγούμενον, ὅν ὁ Θεός ἄνωθεν καί οὐκ ἄνθρωπος ἐφηφίσατο, ἡμεῖς δέ τοῦτο μόνῳ, τῷ Ἁγίῳ Πνεύματι ἐχρήσαμεν, οὐκ αὐτόν, ἀλλ’ ἑαυτούς μᾶλλον εὐεργετήσαντες».  Αφοῦ δέ συμβίβασε τούς μοναχούς πρός τόν ἡγούμενο αὐτῶν, κατῆλθε πρός τήν Λαύρα μέ τόν Ὅσιο Σάββα καί ἄλλους μοναχούς καί τέλεσε τά ἐγκαίνια τοῦ θεοκτίστου ναοῦ, στίς 12 Δεκεμβρίου 491 μ.Χ.

Ὅταν, στίς 24 Νοεμβρίου 492 μ.Χ., ἀπέθανε ο Μαρκιανός, τόν ὁποῖο ὁ Ἅγιος Σαλλούστιος εἶχε διορίσει ἡγούμενο τῆς μονῆς τοῦ Ἁγίου Πασσαρίωνος († 10 Μαΐου) καί ἐπόπτη ὅλων τῶν λοιπῶν μονῶν, ἀποφάσισε νά ἀναθέσει τό ἀξίωμα τοῦ ἐπόπτου στόν Ὄσιο Σάββα καί τόν διόρισε «ἄρχοντα καί νομοθέτην παντός τοῦ ἀναχωριτικοῦ βίου καί πάντων τῶν ἐν ταῖς κέλλαις ζῆν προαιρουμένων».

Ὁ Ἅγιος Σαλλούστιος κοιμήθηκε μέ εἰρήνη, τό ἔτος 494 μ.Χ., καί πρό τῆς κοιμήσεώς του διόρισε ἐπόπτη ὅλων τῶν μονῶν τόν Ὅσιο Θεοδόσιο τόν Κοινοβιάρχη († 11 Ἰανουαρίου).