Ἔζησε στὰ χρόνια τῶν διωγμῶν κατὰ τῶν χριστιανῶν ἐπὶ Διοκλητιανού.

Ἦταν ἀσκητὴς στὴν ἔρημό της Αἰγύπτου. Πήγαινε πολλὲς φορὲς στὶς πόλεις ὅπου δίδασκε, καὶ ἔφερνε στὸ ἀσκητήριό του πλήθη ποὺ ἤθελαν πνευματικὴ καθοδήγηση καὶ ἐνίσχυση.

Ὅταν πληροφορήθηκε ὅτι τὸν καταζητοῦσαν παρουσιάστηκε ὁ ἴδιος στὸν ἔπαρχο Ἀρριανό. Αὐτὸς ἐξεπλάγη βλέποντας τὸν σεβάσμιο γέροντα, τὸν ἀσθενὴ καὶ λεπτὸ καὶ ὅμως ἰσχυρὸ νὰ ἔχει τὸ βλέμμα τοῦ κριτοῦ. Ἀφοῦ ἀρνήθηκε νὰ ἀλλάξει πιστεύω τὸν ἔριξαν στὴ φυλακὴ καὶ ἐκεῖ ἔκανε τοὺς δεσμῶτες του χριστιανούς.

Ὅταν τὸν πῆγαν γιὰ ἀνάκριση κοντὰ στὸν ποταμὸ Νεῖλο, ἀνέπτυξε μὲ τόση δύναμη τὴ χριστιανικὴ πίστη ὥστε πάλι ψαράδες, ἀλλὰ καὶ 546 συνολικὰ στρατιῶτες, μαζὶ μὲ τὸν προϊστάμενό τους Εὐσέβιο, ὁμολόγησαν τὸν Χριστὸ καὶ ἀποκεφαλίστηκαν.
Τὸν δὲ Παφνούτιο ἀφοῦ τὸν βασάνισαν τὸν σταύρωσαν ἐπάνω σ’ ἕνα ξερὸ φοίνικα, ὅπου καὶ παρέδωσε τὴν ψυχή του στὸν Κύριο.